Вслед за Лигой Европы жеребьевка группового этапа прошла и в Лиге конференций. В частности, своих соперников узнали «Вадуц» и «Балкани», ставшие первыми клубами из Лихтенштейна и Косова в групповых раундах еврокубков. По традиции представители одной страны были разведены по разным квартетам.
Группа «А»: «Истанбул» (Турция), «Фиорентина» (Италия), «Хартс» (Шотландия), РФШ (Латвия).
Группа «В»: «Вест Хэм» (Англия), «Стяуа» (Румыния), «Андерлехт» (Бельгия), «Силькеборг» (Дания).
Группа «С»: «Вильярреал» (Испания), «Хапоэль» (Беер-Шева, Израиль), «Аустрия» (Австрия), «Лех» (Польша).
Группа «D»: «Партизан» (Сербия), «Кельн» (Германия), «Ницца» (Франция), «Словацко» (Чехия).
Группа «E»: АЗ (Нидерланды), «Аполлон» (Кипр), «Вадуц» (Лихтенштейн), «Днепр-1» (Украина).
Группа «F»: «Гент» (Бельгия), «Мольде» (Норвегия), «Шэмрок Роверс» (Ирландия), «Юргорден» (Швеция).
Группа «G»: «Славия» (Прага, Чехия), «Клуж» (Румыния), «Сивасспор» (Турция), «Балкани» (Косово).
Группа «H»: «Базель» (Швейцария), «Слован» (Словакия), «Жальгирис» (Литва), «Пюник» (Армения).